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ミラノのファッションショーの会場内に、何者かによってルパンの肖像画が描かれる事件が起こる。ルパンだけでなく、次元、五ェ門の絵まであり、何者かの挑戦状であると考えたルパン達はミラノへ。会場には銭形や不二子の姿もあり、彼らの肖像画も描かれていた。鑑定の結果、肖像画を描いたのは、レオナルド・ダ・ヴィンチだという事が判明する。何かに気づいたルパンは、名画「最後の晩餐」がある教会へ急ぐ。するとそこには…!?