解説

獣化因子に侵されたカーネルは今やグレイガ軍の戦士となり、戦果を挙げていた。ワイリー研究所を目指して進む熱斗たちは廃墟と化した都市でゾアノカーネルと遭遇する。
シンクロナイザーを奪取しようと執拗にトリルを狙うゾアノカーネル。戦うしかないロックマン達。さらにグレイガ自らもロックマン達の前に立ちはだかる。
そのころ、祐一朗は現実世界へ侵攻を進めるグレイガ、ファルザー両陣営のゾアノロイドに対抗するため、クロスフュージョンメンバーを集めていた。