解説

宇宙の彼方から彗星に偽装し地球に接近してきた「デューオ」の目的とは、地球抹殺だという。そしてそれを知ったフォルテはデューオを倒す為の力を欲していた。
熱斗と炎山は、ロックマンとブルースを彗星に送り込もうとするが、その時世界各地で大量のウイルスが巨大･実体化、地球は崩壊の危機に陥る。
クロスフュージョンして戦おうとする熱斗たちの前に、デューオが現れた。デューオは人間とナビの融合であるクロスフュージョンに興味を示す。